한의학안전성유효성평가연구소는 한의약에 대한 관심과 글로벌 연구개발이 확대되는 시대를 맞이하여 무엇보다 한의학 안전성 유효성 평가의 중요성이 대두되고 있는 가운데, 한의학 안전성 유효성을 평가하기 위한 기초 임상 연구의 계획, 인력교육, 수행 및 결과분석과 이를 통한 정책설계와 국내외 교류협력사업을 진행하는 전문연구기관으로, 한의학의 안전성과 유효성을 평가하기 위한 기초 · 임상연구, 관련 자료 · 사례의 수집 및 정리와 전문적 연구활동, 전문 연구 인력 양성 등을 통해 한의학의 발전과 국민 건강증진에 기여하는 것을 목표로 삼는다.

· 한의학 임상연구 설계/수행/분석 지원
· 신약 개발 IND 지원
· 기초 임상 간 협연연구소 역할 수행 (중개연구)
· 임상연구 수행 인력 교육
· 한의학 안전성 유효성 관련 자료의 지속적인 수집 및 Database 구축 지원
· 한의학 안전성 유효성 학술발표회 및 강연회 개최
· 한의학 안전성 유효성 관련 해외 유관 기관과의 연구협력 및 학술교류 등 세계화 추진
· 한의학 안전성 유효성 관련 단체와 유기적 협력
· 축적된 안전성 유효성 근거를 토대로 한의약 정책 연구 개발
· 연구소 목적 달성을 위한 기타 사업